Confédération des XXII cantons
À partir de 1813, des armées étrangères à la poursuite des armées françaises traversent à plusieurs reprises le pays en se nourrissant sur place, ce qui entraîne la famine parmi la population sans que ni la Diète ni l'armée ne puisse s'interposer, si ce n'est par l'incursion durant quelques mois de 24 000 hommes dans le pays de Gex, ce qui marque le dernier engagement des troupes suisses à l'étranger. Les Français partis, plusieurs cantons, partiellement appuyés par les puissances européennes, s'empressent de restaurer l'Ancien Régime alors que l'existence des nouveaux cantons, en particulier l'Argovie que Berne veut récupérer, est menacée.
Dans ce contexte, un nouveau pacte fédéral est finalement signé entre tous les cantons le 7 août 1815, établissant la Confédération suisse constituée de cantons indépendants liés entre eux par un seul traité commun et non plus par un réseau d'alliances hétérogènes. Au Congrès de Vienne, les puissances européennes reconnaissent la Neutralité perpétuelle de la Suisse le 20 mai 1815 et lui attribuent trois nouveaux cantons, le Valais, Genève – auquel la France et le royaume de Sardaigne attribuent quelques territoires afin de lui assurer une continuité territoriale – et Neuchâtel, qui demeure néanmoins une principauté prussienne, fondant ainsi la Confédération des XXII cantons.
Le traité de Paris de 1815 attribue également la partie jurassienne de l'évêché de Bâle et la région de Bienne au canton de Berne, en compensation de la perte de l'Argovie et du pays de Vaud. Les bailliages de Valteline et Bormio, perdus par les ligues grises en 1798, le sont définitivement en raison du refus de ces trois ligues d'accorder l'égalité à leurs anciens sujets. La frontière de la Suisse ne subira dès lors plus de changements majeurs.
Après la révolution française de 1830 et aux idées égalitaires propagées par celle-ci, une moitié des cantons démocratisent progressivement leurs constitutions en généralisant le droit de vote. En 1832, une guerre civile éclate entre la ville de Bâle et sa campagne obligeant l'armée à intervenir et provoquant la séparation du canton en deux demi-cantons respectivement de Bâle-Ville et Bâle-Campagne. La même année, une révision du pacte fédéral introduisant plus de libertés individuelles est refusée.
Dans les années suivantes, le parti radical-démocratique connaît une forte croissance dans plusieurs cantons urbains et protestants. Ses membres, partisans d'un système plus centralisé, deviennent progressivement majoritaires au parlement, où ils adoptent plusieurs mesures anti-catholiques et anticonstitutionnelles telles que la fermeture des couvents argoviens en 1841. En 1845, le canton de Lucerne catholique rappelle les jésuites sur son territoire et leur confie l'enseignement supérieur, ce qui scandalise les radicaux qui ne manquent que de quelques voix à faire voter l'expulsion des jésuites. Se sentant menacés, les sept cantons catholiques de Lucerne, d'Uri, de Schwytz, d'Unterwald, du Valais, de Fribourg et de Zoug concluent en 1845 une alliance secrète, le Sonderbund (littéralement « Alliance particulière » en allemand) qui apparaît au grand jour lorsqu'elle cherche à s'allier avec l'Autriche, acte contraire à la constitution.
En 1847, le parlement ordonne la dissolution du Sonderbund et, devant le refus des sept cantons, la guerre civile éclate. Le conflit mené par le général Guillaume-Henri Dufour du côté confédéré, est bref et peu sanglant et voit la défaite des cantons catholiques suivie par la mise en place et de l'adoption d'une nouvelle constitution en 1848, qui ne sera plus remaniée de façon radicale qu'en 1874.
