Suisse sous occupation française
La première réaction en Suisse est vive après l'annonce du massacre de près de 5’000 gardes suisses aux Palais des Tuileries le 10 août 1792. La même année, des troupes bernoises et zurichoises sont envoyées à Genève pour empêcher une invasion française de ce territoire allié. Cependant, quelques semaines plus tard, la cité lémanique passe aux mains des révolutionnaires. Toujours en 1792, la France envahit l'évêché de Bâle qui devient brièvement indépendant sous le nom de République rauracienne avant d'être rattaché à la France sous le nom de département du Mont-Terrible, comprenant les actuels districts jurassiens de Porrentruy et Delémont, le 23 mars 1793.
En 1795, un soulèvement vaudois contre Berne est lancé par Frédéric-César de La Harpe qui doit se réfugier à Paris faute d'avoir été suivi. De son exil, il pousse le gouvernement français à envoyer des troupes en Suisse romande. C'est finalement en 1798 que, prenant comme prétexte la mort de deux soldats en mission à Thierrens, les troupes françaises envahissent le pays. La résistance est faible excepté à Berne et en Suisse centrale, où Nidwald livre seul un combat désespéré contre les Français, les envahisseurs étant relativement bien accueillis. Les deux victoires françaises du Grauholz et de Fraubrunnen entraînent la capitulation de Berne à l'automne 1798. Après la proclamation éphémère de quelques quarante républiques en quelques semaines, c'est finalement Paris qui met en place le nouveau régime de la République helvétique.
La «République helvétique unie et indivisible» selon son nom officiel est un État centralisé et unitaire gouverné par un directoire qui nomme les gouverneurs des cantons devenus de simples divisions administratives et dont les frontières sont largement redessinées. Outre les conflits européens, illustrés par les batailles de Zurich en 1799, qui se déroulent en partie sur le sol suisse, les conflits entre centralisateurs et fédéralistes sont incessants jusqu'à l'été 1802 lorsque les troupes françaises se retirent du territoire et que se déclenche la Stecklikrieg («Guerre des bâtons» en allemand), une révolte fédéraliste contre la République helvétique dont le gouvernement doit se réfugier à Lausanne.
Le 30 septembre 1802, Napoléon Bonaparte intervint et, après avoir convoqué à Paris une délégation helvétique formée de 63 représentants suisses et de quatre sénateurs français, impose l'Acte de médiation proclamé le 19 février 1803 qui définit une nouvelle constitution pour le pays. Cet acte calme les tensions internes, en particulier grâce au rétablissement des frontières traditionnelles de la majorité des cantons, à l'exception notable du canton de Berne qui se voit définitivement amputé des nouveaux cantons de Vaud et d'Argovie. Les cantons de Saint-Gall, Thurgovie, du Tessin et des Grisons sont également créés par la réunion de bailliages communs. Afin de garantir le contrôle des cols alpins, le Valais quitte la Suisse et devient indépendant mais sera annexé par l'Empire français en 1810 tout comme Genève qui devient le chef-lieu du département du Léman et Neuchâtel transformé en principauté offerte au maréchal Berthier, qui ne s'y rendra jamais.
Les 19 cantons restants redeviennent des entités indépendantes, chacun disposant de sa constitution et de ses péages. Le pouvoir central, exercé par la Diète fédérale, est dirigée par le Landammann de la Suisse, unique occurrence historique où le pays est dirigé par une seule personne. La Diète a le contrôle de l'armée suisse ainsi que du franc qui devient la seule monnaie officielle du pays. Toutefois, entre 1803 et 1813, la Suisse est un protectorat français sans grand pouvoir décisionnel qui se trouve en réalité à Paris. Mais le pays connaît alors une période de stabilité et de paix bien que son industrie soit durement touchée par les effets du blocus continental et que le pays doive fournir quatre régiments à la Grande Armée, soit un total théorique de 16’000 hommes.
